房屋拆迁纠纷这样起诉，拆迁人与被拆迁人达成协议后，一方或者双方当事人反悔的，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民提起诉讼的，人民应当作为民事案件受理。
一、商铺拆迁的流程
1、拆迁单位向房屋所在地的市、县房屋拆迁管理部门取得拆迁许可证。
2、房屋拆迁管理部门在发放房屋拆迁许可证的同时，应当将房屋拆迁许可证中载明的拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等事项，以房屋拆迁公告的形式予以公布。
3、房屋拆迁管理部门和拆迁人应当及时向被拆迁人做好宣传、解释工作。
4、拆迁人与被拆迁人应当依照法律的相关规定，就补偿方式和补偿金额、安置用房面积和安置地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等事项，订立拆迁补偿安置协议。拆迁租赁房屋的，拆迁人应当与被拆迁人、房屋承租人订立拆迁补偿安置协议。
5、拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级裁决。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
当事人对裁决不服的，可以自裁决书送达之日起3个月内向人民起诉。拆迁人依照本条例规定已对被拆迁人给予货币补偿或者提供拆迁安置用房、周转用房的，诉讼期间不停止拆迁的执行。
6、拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民先予执行。
7、被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋所在地的市、县责成有关部门强制拆迁，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。
二、拆迁安置补偿协议合同效力纠纷怎么解决
拆迁安置补偿协议合同效力纠纷可以通过协商或者是通过调解以及具体的行政诉讼的方式来进行解决。
1、对于拆迁决定或者拆迁补偿安置裁决不服提起的诉讼，在性质上属于对行政机关的具体行政行为不服提起的行政诉讼，人民应当作为行政案件受理。
2、对于当事人达不成拆迁补偿安置协议，向人民提起民事诉讼后，人民不予受理，告知当事人可以依法向有关行政部门申请行政裁决。
3、当事人之间达成拆迁补偿安置协议后，一方不履行协议或者履行协议不适当的，当事人依拆迁补偿安置协议提起民事诉讼的，人民应当受理。
4、对于拆迁人与被拆迁人之间未达成拆迁补偿安置协议，未经行政裁决，而强行将被拆迁人的房屋拆除的，当事人以侵权为由向人民起诉的，人民应当作为民事案件受理。
三、厂房拆迁和房产纠纷怎么办
(一)行政裁决
对拆迁人与被拆迁或者拆迁人，被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁安置协议，就补偿安置争议向人民提起民事诉讼的，人民不予受理，并告知当事人可以向有关部门申请裁决。
拆迁人与被拆迁人或者拆迁人与被拆迁人、房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。实施裁决的房屋拆迁管理部门是县级以上地方房屋拆迁管理部门。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级裁决。裁决的内容包括补偿方式和补偿金额、安置用房面积和安置地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等事项。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
(二)依法起诉
若拆迁当事人对裁决不服，可以在接到裁决书之日60日内向做出裁决的房屋拆迁管理部门的本级申请行政复议，也可以向做出裁决的房屋拆迁管理部门的上一级主管部门申请行政复议。当事人也可以在接到裁决书之日起3个月内向人民起诉。
为了不影响拆迁工作的顺利进行，在诉讼期间，拆迁人已对被拆迁人给予货币补偿或者提供了拆迁安置用房、周转用房的情况下，诉讼期间可以不停止拆迁的执行。
(三)强制拆迁
在城市房屋拆迁过程中，如被拆迁人或房屋承租人拒绝执行房屋拆迁管理部门作出的裁决，被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，可以依法实施强制拆迁。
实施强制拆迁必须以裁决为前提。对在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，可以依法强制拆迁。实施行政强制拆迁，由房屋所在地的市、县责成有关部门执行，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民执行。